关梦茹 刘志波*
青海大学临床医学院
摘要(Abstract):
肝细胞癌(Hepatocellularcarcinoma,HCC)在全球恶性肿瘤中发病率与致死率均居前列。临床对HCC的全程管理-涵盖早期筛查、确诊、病程追踪,乃至疗效与安全性评估-均离不开高特异性的生物标志物支撑。鉴于此,本研究聚焦于挖掘具备HCC诊断价值的新型分子标志物。方法本研究从基因表达综合数据库(GEO)获取HCC相关RNA转录组数据,依功能划分为训练集(GSE14520)、验证集(GSE84402)及独立测试集(GSE76427、GSE64041)。首先,对训练集行比较表达谱分析以筛选HCC差异表达基因(DEGs);继而将DEGs与加权基因共表达网络分析(WGCNA)所得模块基因取交集,锁定候选基因。随后,针对候选基因开展基因本体(GO)富集分析,以阐释其潜在生物学功能及信号通路。最后,引入机器学习算法对特征基因进行遴选、排序,并据此构建HCC诊断预测模型。结果GO富集分析提示,上述交集基因主要富集于代谢调控等多个生物学过程。经多种机器学习算法联合筛选与交叉验证, SERPINE1与SLPI被锁定为可能参与HCC发生发展的关键特征基因。结论本研究证实,SLPI与SERPINE1是与HCC发病机制密切相关的潜在分子标志物。
关键词(KeyWords):
肝细胞癌;诊断标志物;机器学习;生物信息学
参考文献(References):
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